صدور انواع ضمانت‌نامه‌ها، بخشی از این خدمات بانکی و مالی است که به شرکت‌های دانش‌بنیان عرضه می‌شود. سه نوع ضمانت‌نامه بانکی شامل «ضمانت‌نامه پیش‌پرداخت»، «ضمانت‌نامه حسن انجام کار» و «ضمانت‌نامه شرکت در مناقصه» در این بسته خدمتی توسط بانک‌های همکار با صندوق نوآوری و شکوفایی ارائه می‌شود.

معمولاً پس از امضای قرارداد بین کارفرما و پیمانکار، مبلغی به عنوان پیش پرداخت برای شروع کار، توسط کارفرما به پیمانکار پرداخت می‌شود و در مقابل، ضمانت نامه‌ای معادل وجه پرداخت شده، از پیمانکار مطالبه خواهد شد، این ضمانت نامه که توسط بانک صادر می‌شود، ضمانت‌نامه پیش‌پرداخت نام دارد.

ضمانت نامه حسن انجام کار نیز، همان‌گونه که از اسم آن معلوم است از پیمانکار دریافت می‌شود تا او کارهای محول شده را به شکل مطلوب و مطابق خواست کارفرما انجام دهد.  

همچنین شرکت‌های دانش بنیان ممکن است به عنوان یک بنگاه اقتصادی در مناقصات مختلف شرکت کنند. کارفرما و دستگاهی که مناقصه را برگزار می‌کند، ممکن است از پیمانکار یک ضمانت نامه بانکی تحت عنوان ضمانت شرکت در مناقصه دریافت کند که به آن «ضمانت نامه شرکت در مناقصه » می‌گویند.  

این سه ضمانت‌نامه که ضمانت پیمان نیز خوانده می‌شوند از سوی بانک‌های عامل صادر می‌شوند تا پیمانکار بر سر عهد و پیمان خود باقی بماند و تعهدات خود را به شکل درست انجام دهد.

البته شرکت‌های دانش‌بنیان می‌توانند از مسیرهای عادی و مرسوم نیز برای دریافت ضمانت‌نامه اقدام کنند، اما دریافت ضمانت‌نامه از مسیر صندوق نوآوری و شکوفایی،از چند مزیت برخوردار است.

در این نوع ضمانت‌نامه‌ها 50 درصد سپرده نقدی مورد نیاز بانک، توسط صندوق نوآوری و شکوفایی تامین می‌شود و تخفیف 30 درصدی در کارمزد صدور ضمانت‌نامه بانکی منظور  می‌شود.